退火后對結特性的剝離和清潔對于實現預期和一致的器件性能至關重要，發現光致抗蝕劑剝離和清洗會導致:結蝕刻、摻雜劑漂白和結氧化，植入條件可以增強這些效應，令人驚訝的是，剝離和清潔也會影響摻雜劑分布，并且這些影響可能是摻雜劑活化， 通過非晶化的程度來修改和多次增強，并且根據激活退火的類型而顯著變化。參數研究的細節顯示了抗蝕劑剝離參數(功率、壓力、溫度、化學)對表面氧化、表面蝕刻和表面鈍化的影響，以及抗蝕劑剝離與注入和退火條件之間的意外相互作用。

高劑量注入光致抗蝕劑的去除通常是含氧等離子體灰化步驟，隨后是APM/SPM濕法清洗，其去除灰化后的殘留物，等離子體和濕法清洗步驟都會影響暴露的注入結，并導致襯底損耗，測量襯底損耗的精確技術是測量經受不同剝離和清潔條件的SOI晶片主體的厚度變化，這對于非注入硅很有效，但是對于注入SOI很困難，因為注入的非晶層會干擾測量。圖3示出了在非注入SOI晶片上的清洗損失測試的例子。

ITRS基板損耗規范假設清潔化學(灰化和/或濕法清洗)蝕刻基板，基于容許的襯底損耗除以襯底暴露于清洗過程的清洗循環次數來計算規格，眾所周知，在離子注入后清洗中使用普通無機濕法清洗化學物質，例如dHF或NH4OH:H2O2 (SP1)蝕刻硅和SiO2，通過降低濃度和溫度以及減少暴露時間，可以減少濕法清洗化學物質造成的材料損失，盡管要以清潔度和顆粒去除效率(PRE)為代價，當使用含氟的等離子體化學物質時，蝕刻也可能發生在等離子體灰化過程中，(氟通常被添加到基于氧的灰化學物質中，用于增強離子注入外殼的去除)。減少含氟等離子體剝離化學物質造成的襯底損失的常用技術是添加氫/氮混合物(FG)形式的氫，形成氣體，圖4示出了在添加和不添加合成氣體的情況下，作為CF4濃度的函數的熱生長SiO2的蝕刻速率。

對于USJ條件，即使少量的襯底蝕刻也會改變結的特性，CF4蝕刻對砷延伸注入的薄層電阻的影響，甚至0%的CF4也顯示出約3%的電阻率增加，這是由于等離子體剝離室中的氟記憶效應，超淺結特性對少量氟或其他蝕刻劑的極端敏感性要求在剝離和清潔過程中幾乎消除任何結蝕刻化學物質，必須控制和理解氧化效應，因為這些也會影響結特性，與蝕刻效應不同，化學和等離子體氧化都是自限制過程，并且不會在每次蝕刻/清洗循環中累積，濕法化學物質和等離子體化學物質都可以氧化硅。

對單晶硅的研究表明，等離子體氧化幾乎與高達350℃的溫度無關，并且是氧濃度和等離子體功率的微弱函數，然而，它是晶片RF偏置的強函數，已經提出了兩種理論來描述這種增強:1)離子能量-有效的氧離子注入 或2)氧通過氧化物的場增強擴散，

在圖中顯示的結果支持場增強擴散理論，通過使用等離子體陰極，離子被注入到與RF偏壓條件類似的濃度和能量，在等離子體陰極中，沒有場被施加到晶片，沒有RF偏壓，僅觀察到輕微的氧化增強，場增強擴散的進一步證據是等離子體電子溫度和氧化物生長之間的相關性，由于晶片表面的電場與電子溫度成正比，場增強擴散模型可以解釋這種相關性。

不幸的是，注入造成的損傷會提高結氧化率，對于重注入(非晶化)硅，這種增強可以是2-3倍，例如，注入砷的硅的等離子體氧化在非注入硅和1×1016注入硅之間增加了幾乎3倍。

典型的非蝕刻等離子體灰化化學物質是這些混合物的比例會影響氧化速率，并且如我們將在后面看到的，還會影響摻雜劑分布，甚至可能影響摻雜劑活化。下圖中給出了對于給定的等離子體氣體比，通過橢圓偏振法測量的硅氧化，顯而易見，氫在硅氧化中起著關鍵作用，此外，只有從系統中去除痕量的氧氣或水蒸氣，才能抑制硅氧化。

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更高劑量下更淺結的趨勢增加了植入后剝離和清潔的兩倍挑戰，降低的注入能量將更多的摻雜劑帶入清潔化學物質的相互作用體積內，并且增加的注入劑量增加了化學反應性，在90納米技術節點下，導致表面輕度蝕刻的剝離和清潔化學物質是可接受的，甚至是優選的，因為其具有去除顆粒和減少缺陷的能力，然而，在未來，即使是微弱的蝕刻化學物質也會對結的特性產生重大影響，工業開始拒絕含氟等離子體剝離工藝，并減少APM清洗中的時間、溫度和NH4OH濃度，未來的節點可能需要完全消除APM，并且將需要替換的清洗化學品。

大多數金屬柵極材料在諸如SPM的酸清洗中容易被蝕刻，并且可以被等離子體剝離化學氧化，氧化鉿的高k電介質對氧是可滲透的，并且擔心氧等離子體會氧化下面的硅，包含氮化學物質的非氧化等離子體也對高k電介質造成風險，其中氮可能會結合到電介質中，可能會降低電子遷移率，因此需要開發限制氮結合到高k電介質中的灰化學物質。