TEM的優點：

　　光學鏡和透射電子顯微鏡都使用用薄片的樣品， 而透射電子顯微鏡的優點是，它比光學顯微鏡更大程度的放大標本。 放大10000倍或以上是可能的，這使科學家可以看到非常小的結構。 對于生物學家，如線粒體和細胞器，細胞，內部運作都清晰可見。 透射電鏡標本的晶體結構提供了出色的分辨率，甚至可以顯示樣本內的原子排列。

　　TEM的缺點：

　　透射電子顯微鏡需要在一個真空室制備標本。 由于這一要求，在顯微鏡可以用來觀察活標本，如原生動物，。 一些微妙的樣品也可能被損壞的電子束，必須先用化學染色或涂層來保護他們。 這種治療有時會破壞試樣。

　　SEM與TEM的區別

　　1、SEM樣品收集的有二次電子和背散射電子，二次電子用于表面成像，背散射用于不同平均原子量之間的像，就是電子打在樣品上，激發出來的二次電子和背散射電子被收集而成的像。 TEM是透射電鏡，它可以表征樣品的質厚襯度，也可以表征樣品的內部晶格結構。投射電鏡的分辨率比掃描電鏡要高一些。

　　2、SEM金相試樣即可，TEM則要求試樣必須有很薄的薄區，20~40μm。 SEM樣品普通的金相樣品就可以拿去做，而TEM樣品觀察的部分必須減薄到100nm厚度以下，一般做成直徑3mm的片，然后去做離子減薄，或雙噴。SEM對樣品唯一的要求就是導電，如果不導電就要噴碳或者噴金；TEM可以直接觀察不導電的樣品。以上這兩種方法，都要求樣品無磁性，要是有磁性會對結果產生一定的影響。

　　從原理上說SEM是接受二次電子或者是背散射電子 TEM接收的是透射電子

　　SEM主要觀察形貌，圖片的立體感強

　　TEM對于很薄的樣品也可以看形貌（景深較小），其主要觀測的是衍射電子圖和晶格像（高分辨）

　　簡單的說SEM只能觀測形貌（當然背散射像也能大概看出輕重元素分布） TEM可以測定結構

　　使用條件：

　　在以存儲器器件為代表的集成電路芯片的電子顯微分析中，掃描電子顯微鏡由于使用方便，往往是微觀分析的首選。另外不需要得到體內信號，結構信號，制樣方便，制樣周期短，需要非破壞性的分析的樣品表面結構保存好，沒有變形和污染，樣品干燥并且有良好導電性能使用SEM比較合適。

　　對于目標更小的分析需求以及要求高精度的場合，則必須進行TEM分析，那些需要你得到樣品內部結構的也需要選用TEM。以前TEM只是作為一種重要的科研儀器，然而當今的半導體制造由于采用了各種先進技術，器具逐漸縮小，TEM得到了更多的應用。

　　在要求精度不是很高，制樣方便，有良好的形貌，不需要得到體內信號，結構信號場合將掃描電鏡和透射電鏡有機的結合起來，相互補充，將能得到更加精確的分析結果。