廣義的來說，FPGA的配置包括直接使用下載電纜對FPGA器件進行編程、對外部EEPROM和FLASH進行編程、使用MPU對FPGA器件進行編程、外部EEPROM和FLASH對器件進行編程等。

FPGA器件配置方式分三大類：主動配置、被動配置和JTAG配置。

主動配置：由FPGA器件引導配置操作過程。

被動配置：由計算機或控制器控制配置過程。上電后，控制器件或主控器把存儲在外部存儲器中的數據送入FPGA器件內，配置完成之后將對器件I/O和寄存器進行初始化。初始化完成后，進入用戶模式，開始正常工作。

一旦設計者選定了FPGA系統的配置方式，需要將器件上的MSEL引腳設定為固定值，以指示當前所采用的配置方式。

常用的配置方式有：

PS配置（Passive Serial Configuration）：被動串行配置

AS配置（Active Serial Configuration）：主動串行配置

PPS配置（Passive Parallel Synchronous Configuration）：被動并行同步配置

FPP配置（Fast Passive Parallel Configuration）：快速被動并行配置

PPA配置（Passive Parallel Asynchronous Configuration）：被動并行異步配置

PSA配置（Passive Serial Asynchronous Configuration）：被動串行異步配置

JTAG配置（Joint Test Action Group Configuration）

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