新輔助TCHP治療是早期HER2+乳腺癌的一項標準治療策略，約有三分之一患者表現出臨床獲益（PCR）。了解導致不同乳腺癌患者對該療法應答或應答失敗的生物學因素，對于開發治療方法和選擇治療策略至關重要。

近期，Mayo Clinic的研究團隊在2023美國腫瘤免疫治療學會年會（The Society for Immunotherapy of Cancer, SITC）上發布了他們的一項早期研究，該研究選擇利用了GeoMx IPA空間蛋白質組檢測方案對早期HER2+/ER腫瘤的基質區域和腫瘤區域進行深度挖掘分析，初步發現了與治療響應相關的生物標志物。

研究概覽

研究人員選擇使用GeoMx IPA空間蛋白質組檢測方案來評估早期 HER2+（IHC3+）/ER- 腫瘤的腫瘤區和基質區的空間蛋白質組表達特征。在該項試驗中，研究人員分析了6個樣本，包含3個對新輔助TCHP治療響應的樣本和3個對新輔助TCHP治療無響應的樣本，使用線性混合模型對不同樣本不同區域的蛋白質組表達差異進行評估，以確定與TCHP治療響應相關的蛋白表達特征，并評估治療后仍有微小殘留病灶（MRD）的樣本的免疫微環境。

GeoMxIPA可以實現對組織中任何區域（如腫瘤區域、免疫交界區域、腫瘤微環境和正常基質區域等）中的570多種蛋白質進行空間原位的表達檢測，快速發現新的蛋白質生物標記物和藥物靶點。與傳統的免疫組化或免疫熒光檢測方法相比，利用GeoMxIPA可在每張組織切片獲得更全面的生物信息。

圖 1, GeoMx DSP工作流程和研究樣本的組織成像

涵蓋570種蛋白靶標的GeoMxIPA免疫腫瘤空間蛋白質組檢測方案能夠深入分析這些蛋白的組織空間分布特征和表達豐度差異，提供了極具病理價值的分子信息，進而支持研究人員從新的視角了解與HER2+乳腺癌標準療法的良好響應相關的蛋白質組特征，挖掘出具有臨床應用（預測預后等）潛力的生物標志物，甚至開發新的治療靶點，從而最大限度地提高新輔助TCHP的療效。

不同治療響應下腫瘤區和基質區的空間蛋白質組表達譜

圖 2, A).不同樣本的組織形態學特征；B).在對所有樣本AOI蛋白表達譜數據進行質控和歸一化，繼而進行無監督聚類分析。

空間蛋白質組學分析表明，對新輔助TCHP療法響應的樣本中，ERBB信號轉導模式表現出顯著特征

圖 3, B). GSEA分析顯示，對新輔助TCHP治療有響應的樣本中，ERBB信號特征明顯富集；C). CK+和CK-組織中的差異表達；D). ERBB信號特征在應答者和非應答者中高度相關。

GeoMx空間蛋白質組數據與CosMx單細胞空間原位轉錄組學數據聯合分析

圖 4, A). 使用 CosMx Human Universal Cell Characterization（CosMx UCC）1K RNA檢測方案對樣本進行檢測。B). 帶有形態學標記信息的腫瘤區和基質區的CosMx圖像；C). CK+組織中的HER2蛋白表達（GeoMx IPA）與腫瘤細胞中的ERBB2 mRNA密切相關（CosMx UCC）；D). 不同組織區域的差異表達。

GeoMxIPA空間蛋白質組檢測方案

GeoMx IPA可以實現對組織中任何區域（如腫瘤區域、免疫交界區域、腫瘤微環境和正常基質區域等）中的570多種蛋白質進行空間原位的表達檢測，快速發現新的蛋白質生物標記物和藥物靶點。與傳統的免疫組化（IHC）或免疫熒光（IF）檢測方法相比，利用GeoMx IPA可在每張組織切片獲得更全面的生物信息。同時GeoMx IPA同樣采取了與組織學實驗類似的工作流程，與您實驗室中現有的組織學方案程無縫集成。

產品特點：

超多蛋白靶標，帶來的是突破性的生物標志物發掘能力：在一張組織切片上檢測超過570個人類蛋白靶標的原位表達信息；

全面覆蓋77種癌癥關鍵的功能途徑；

RNA和蛋白共檢實現真正的空間多組學檢測，最大程度釋放有限樣本的無限價值：在一張組織切片上同時獲取空間全轉錄組（GeoMx WTA）和空間蛋白組（GeoMx IPA）數據；

無損檢測分析：柔和、穩定的生物化學原理極大程度減小了對組織樣本的損傷；

經IHC驗證的全面抗體目錄，與您熟悉的免疫組化技術無縫集成；

支持靈活的定制方案：可以添加多達40個額外的蛋白質靶標。

GeoMx DSP空間多組學分析系統

GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）空間多組學平臺結合了組織影像分析和原位定量技術，可在展示全局組織結構的基礎上，進一步實現從復雜組織中對細胞亞群或特定結構的精準分析。在獲得高分辨率的樣本空間信息的同時實現高靶標蛋白（~570種蛋白質）和全轉錄組（~20000個基因）空間原位表達譜的精準獲取。最新的DSP工作流程可以支持在一張組織切片上同時檢測蛋白質和RNA的空間原位表達信息。GeoMx DSP兼容多種組織樣本類型（如FFPE、新鮮凍存樣本等），成為基礎科研、轉化醫學研究和臨床實踐探究中強大有力的工具，使不同領域（如腫瘤學、免疫疾病、神經科學、藥物研發等）的研究人員能夠深入洞察組織微環境、功能亞結構、免疫系統作用機制和生物標志物發掘，滿足不同階段的研究和應用需求！

CosMx SMI單細胞空間原位成像系統

CosMx SMI是一個突破性的單細胞空間原位成像平臺，結合了超高分辨率成像技術和多靶標檢測能力，能夠對組織切片中6000種RNA和64種蛋白質分子進行單細胞和亞細胞分辨率的原位成像，支持研究人員實現精準透徹的生物學解析。

眾所周知，FFPE樣本中的RNA和蛋白質通常質量較低，尤其是RNA往往降解嚴重，使得對于FFPE樣本的分子檢測分析極具挑戰性。CosMx SMI系統具有簡單的樣本制備流程和穩定的原位雜交化學原理，并能夠兼容多種組織類型（如新鮮冷凍（FF）、福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）、組織芯片（TMA）、類器官等），在單細胞分辨率上實現RNA和蛋白質在組織細胞原位精細的可視化展示和精準的定量分析。

超多靶標的單細胞空間原位表達信息不僅可以實現精細的細胞分型，繪制單細胞空間圖譜，詳細展示細胞鄰域和組織微環境，同時還支持細胞配受體檢測，在真實的組織空間背景下推進您對細胞間相互作用、細胞通訊和細胞狀態的深刻洞察。

CosMx SMI應用包括：

單細胞空間圖譜：發現不同細胞類型，繪制其組織空間定位；

差異表達分析：基于空間背景的單細胞轉錄組差異表達分析；

解析細胞狀態和細胞功能；

細胞鄰域分析：組織微環境的空間表型；

細胞通訊：配體-受體相互作用；

轉錄本和蛋白的亞細胞定位；

生物標志物的發現和驗證。

SBC中心實驗室

SBC中心實驗室聚焦單細胞、空間多組學前沿技術，圍繞基因組、表觀組、轉錄組、蛋白組、代謝組和微生物組等多維組學研究，以國際一流水平的技術平臺，二十余年專業經驗的技術團隊，打造創新產品服務體系，高效助力科學發現產品研發。中心始終以嚴謹的科學態度，堅持創新，服務國家重大戰略任務，推動技術成果轉化應用和帶動產業集群發展。長期舉辦學術論壇、專題研討會、前沿技術培訓，為數十家跨國制藥企業和上千家國內科研機構、院校、醫院提供系統全面一站式的科研與轉化解決方案，日益發揮面向生物醫藥全行業功能效益和策源動力。