Linux支持多種文件系統類型，在嵌入式開發中上常用有：ROMFS、JFFS2、NFS、CRAMFS、YAFFS、UBIFS等。

JFFS文件系統

JFFS文件系統最早是由瑞典Axis Communications公司基于Linux2.0的內核為嵌入式系統開發的文件系統。JFFS2是RedHat公司基于JFFS開發的閃存文件系統，最初是針對RedHat公司的嵌入式產品eCos開發的嵌入式文件系統，所以JFFS2也可以用在Linux, uCLinux中。

Jffs2: 日志閃存文件系統版本2 (Journalling Flash FileSystem v2)

主要用于NOR型閃存，基于MTD驅動層，特點是：可讀寫的、支持數據壓縮的、基于哈希表的日志型文件系統，并提供了崩潰/掉電安全保護，提供“寫平衡”支持等。缺點主要是當文件系統已滿或接近滿時，因為垃圾收集的關系而使jffs2的運行速度大大放慢。

目前jffs3正在開發中。關于jffs系列文件系統的使用詳細文檔，可參考MTD補丁包中mtd-jffs-HOWTO.txt。

jffsx不適合用于NAND閃存主要是因為NAND閃存的容量一般較大，這樣導致jffs為維護日志節點所占用的內存空間迅速增大，另外，jffsx文件系統在掛載時需要掃描整個FLASH的內容，以找出所有的日志節點，建立文件結構，對于大容量的NAND閃存會耗費大量時間。

yaffs：Yet Another Flash File System

yaffs/yaffs2是專為嵌入式系統使用NAND型閃存而設計的一種日志型文件系統。與jffs2相比，它減少了一些功能(例如不支持數據壓縮)，所以速度更快，掛載時間很短，對內存的占用較小。另外，它還是跨平臺的文件系統，除了Linux和eCos，還支持WinCE, pSOS和ThreadX等。

yaffs/yaffs2自帶NAND芯片的驅動，并且為嵌入式系統提供了直接訪問文件系統的API，用戶可以不使用Linux中的MTD與VFS，直接對文件系統操作。當然，yaffs也可與MTD驅動程序配合使用。

yaffs與yaffs2的主要區別在于，前者僅支持小頁(512 Bytes) NAND閃存，后者則可支持大頁(2KB) NAND閃存。同時，yaffs2在內存空間占用、垃圾回收速度、讀/寫速度等方面均有大幅提升。

Cramfs：Compressed ROM File System

Cramfs是Linux的創始人 Linus Torvalds參與開發的一種只讀的壓縮文件系統。它也基于MTD驅動程序。

在cramfs文件系統中，每一頁(4KB)被單獨壓縮，可以隨機頁訪問，其壓縮比高達2:1,為嵌入式系統節省大量的Flash存儲空間，使系統可通過更低容量的FLASH存儲相同的文件，從而降低系統成本。

Cramfs文件系統以壓縮方式存儲，在運行時解壓縮，所以不支持應用程序以XIP方式運行，所有的應用程序要求被拷到RAM里去運行，但這并不代表比Ramfs需求的RAM空間要大一點，因為Cramfs是采用分頁壓縮的方式存放檔案，在讀取檔案時，不會一下子就耗用過多的內存空間，只針對目前實際讀取的部分分配內存，尚沒有讀取的部分不分配內存空間，當我們讀取的檔案不在內存時，Cramfs文件系統自動計算壓縮后的資料所存的位置，再即時解壓縮到RAM中。

另外，它的速度快，效率高，其只讀的特點有利于保護文件系統免受破壞，提高了系統的可靠性。

由于以上特性，Cramfs在嵌入式系統中應用廣泛。

但是它的只讀屬性同時又是它的一大缺陷，使得用戶無法對其內容對進擴充。

Cramfs映像通常是放在Flash中，但是也能放在別的文件系統里，使用loopback 設備可以把它安裝別的文件系統里。

Romfs

傳統型的Romfs文件系統是一種簡單的、緊湊的、只讀的文件系統，不支持動態擦寫保存，按順序存放數據，因而支持應用程序以XIP(eXecute In Place，片內運行)方式運行，在系統運行時，節省RAM空間。uClinux系統通常采用Romfs文件系統。

其他文件系統：fat/fat32也可用于實際嵌入式系統的擴展存儲器(例如PDA, Smartphone, 數碼相機等的SD卡)，這主要是為了更好的與最流行的Windows桌面操作系統相兼容。ext2也可以作為嵌入式Linux的文件系統，不過將它用于FLASH閃存會有諸多弊端。

2. 基于RAM的文件系統

(1) Ramdisk

Ramdisk是將一部分固定大小的內存當作分區來使用。它并非一個實際的文件系統，而是一種將實際的文件系統裝入內存的機制，并且可以作為根文件系統。將一些經常被訪問而又不會更改的文件(如只讀的根文件系統)通過Ramdisk放在內存中，可以明顯地提高系統的性能。

在Linux的啟動階段，initrd提供了一套機制，可以將內核映像和根文件系統一起載入內存。

(2)ramfs/tmpfs

Ramfs是Linus Torvalds開發的一種基于內存的文件系統，工作于虛擬文件系統(VFS)層，不能格式化，可以創建多個，在創建時可以指定其最大能使用的內存大小。(實際上，VFS本質上可看成一種內存文件系統，它統一了文件在內核中的表示方式，并對磁盤文件系統進行緩沖。)

Ramfs/tmpfs文件系統把所有的文件都放在RAM中，所以讀/寫操作發生在RAM中，可以用ramfs/tmpfs來存儲一些臨時性或經常要修改的數據，例如/tmp和/var目錄，這樣既避免了對Flash存儲器的讀寫損耗，也提高了數據讀寫速度。

Ramfs/tmpfs相對于傳統的Ramdisk的不同之處主要在于：不能格式化，文件系統大小可隨所含文件內容大小變化。

Tmpfs的一個缺點是當系統重新引導時會丟失所有數據。

3. 網絡文件系統NFS (Network File System)

NFS是由Sun開發并發展起來的一項在不同機器、不同操作系統之間通過網絡共享文件的技術。在嵌入式Linux系統的開發調試階段，可以利用該技術在主機上建立基于NFS的根文件系統，掛載到嵌入式設備，可以很方便地修改根文件系統的內容。

以上討論的都是基于存儲設備的文件系統(memory-based file system)，它們都可用作Linux的根文件系統。實際上，Linux還支持邏輯的或偽文件系統(logical or pseudo file system)，例如procfs(proc文件系統)，用于獲取系統信息，以及devfs(設備文件系統)和sysfs，用于維護設備文件。