CRISPR-Cas9系統除了基因編輯,還有基因標靶的能力。近日,刊登于《Nature Biomedical Engineering》的一篇研究提及,將CRISPR與石墨烯制成的電子晶體管結合,制成一種新型手持式基因檢測工具CRISPR芯片(CRISPR-Chip),它能夠在幾分鐘內檢測到特定的基因突變,未來可望應用于快速診斷遺傳疾病及評估基因編輯的精準性。
為了利用CRISPR的基因標靶能力,該研究團隊使用失活的Cas9蛋白,它能找到DNA的特定位置但不會切割它,并將其連接到由石墨烯制成的晶體管上。當CRISPR復合物在其標靶的DNA上找到斑點時,它與其結合并觸發石墨烯的電導率的變化,進而反過來改變晶體管的電特性。
與眾不同的是,該研究的CRISPR技術開發是利用納米電子技術檢測DNA樣本基因突變,直接省去PCR流程(PCR-free/ Amplification-free),不再局限于實驗室,同樣可在其他環境下直接進行檢測。例如,它能在醫生辦公室或野外工作環境中進行基因檢測,而無需將樣品送到實驗室。美國克萊蒙特麥金納學院(Claremont McKenna College)凱克研究所(KGI)的助理教授Kiana Aran談到,石墨烯電晶體具有極高的靈敏度,與CRISPR技術合二為一,將純化過的DNA樣本放在芯片上,幾分鐘便可得知檢測結果。
自基因檢測蓬勃發展,成為臨床醫師及遺傳學專家尋找致病基因突變的利器。該研究團隊也通過杜氏肌肉萎縮癥(Duchenne Muscular Dystrophy, DMD)突變基因位點進行檢測證實其功效。
以DMD兩種常見突變基因的檢體樣本進行CRISPR-Chip檢測,在15分鐘內芯片輸出資訊的靈敏度為1.7 fM,其輸出信號相較于沒有基因標靶(gene targeting)序列的樣本來的高。由于DMD是大量的肌肉營養不良蛋白基因突變引起,使用CRISPR-Chip可以節省PCR成本及上機時間,更能協助醫師為患者規劃個人化治療和預防治療,如個體抗藥性基因篩檢、遺傳篩檢。另外,該技術也可監測CRISPR與特定DNA序列結合與否,或是引導RNA(guide RNA, gRNA)設計的正確性。
該研究的共同作者加利福尼亞大學柏克萊分校(The University of California, Berkeley)生物工程學教授Niren Murthy表示,只需要從患者身上抽取檢體,DNA樣本純化后與CRISPR-Chip結合隨即檢測DNA序列,是該技術最重要的優勢,這將引領床邊檢測(bedside assay)趨勢。
最后,他們希望持續優化并推出更多樣化的CRISPR-Chip技術應用,未來設計出一次多種的引導RNA(gRNA)進行檢測,達到短時間偵測多個基因突變的目標。
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原文標題:無需PCR也行的新型基因檢測技術:CRISPR芯片
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