利用各種合成生物學工具和方法進行微生物工程已經取得了重大進展。然而，將DNA導入非模型新型底盤生物，特別是那些未定性的生物，仍然是推進該領域技術發展的主要障礙。有幾種常用的將DNA導入微生物的有效方法，包括化學感受態、原生質體、電穿孔和大腸桿菌介導的共軛。然而，這些方法只適用于少數馴化的底盤微生物，因此限制了可作為合成生物學宿主細胞的微生物范圍。

為了解決這一障礙，Brophy 等人開發了一種基于廣泛宿主共軛的DNA轉移工具，名為XPORT（圖1）。在這種方法中，包括枯草芽孢桿菌內源性整合與共軛元件（ICE）在內的共軛機制被設計用于將基因回路可控地傳遞到非傳統和未馴化的底盤細菌中。雖然XPORT為非馴化細菌工程學引入了一種前景廣闊的方法，但其廣泛和實際應用仍面臨一些挑戰。首先，XPORT介導的共軛需要DNA供體細胞和受體細胞直接物理接觸，以促進DNA轉移，因此供體細胞和受體細胞的比例通常必須相當高（>10?：1），才能確保成功。其次，共軛效率取決于供體細胞與受體細胞的比例以及共培養時間，這需要通過多次實驗來確定最佳 DNA轉移條件，這非常耗時耗力。最后，XPORT介導的DNA轉移方法僅適用于某些細菌物種，特別是那些具有與供體菌株相似的遺傳背景的物種。對于其他物種，可能需要對XPORT系統進行修改或開發新的系統。

圖1 XPORT介導的共軛原理示意圖

為解決上述挑戰，近期，美國作戰能力發展司令部陸軍研究實驗室（DEVCOM ARL）的研究人員開發了一種名為DNA ENTRAP的液滴微流控平臺，用于增強工程枯草芽孢桿菌（XPORT）介導的DNA轉移。相關研究以“XPORT ENTRAP: A droplet microfluidic platform for enhanced DNA transfer between microbial species”為題，發表在New Biotechnology期刊上。

圖2基于液滴微流控技術的DNA轉移工作流程

液滴微流控平臺通過將供體和受體細胞封裝在微小的油包水乳液液滴中，使得細胞之間距離更近。這種物理上的接近增加了成功共軛的潛力，從而提高了基因轉移的速率。此外，該平臺允許對實驗參數進行精確控制（例如供體-受體細胞比例和共培養時間），通過優化這些參數，可以最大化DNA轉移的效率，減少實驗的時間和資源消耗。其次，微液滴內部呈現混沌對流特性，下游的蛇形混合模塊通過增加流體的混合程度進一步增強了細胞內部的混合，提高了細胞間接觸的機會并擴大了接觸面積，有利于基因的成功轉移。此外，該平臺具有自動化特性，可以進行高通量實驗和篩選。自動化的實驗流程有利于大幅提高實驗效率，同時減少操作失誤的可能性，從而增強DNA轉移的效率。研究人員使用枯草桿菌測試了這種微流控DNA ENTRAP系統與傳統臺式XPORT共軛方案相比的可行性和效率。研究結果發現，XPORT介導的基因轉移比目前的臺式XPORT過程更強。

圖3 兩種不同供體與受體細胞比例下的液滴內DNA共軛與臺式系統共軛效率的比較

綜上所述，該研究開發的DNA ENTRAP液滴微流控平臺為實現XPORT介導的基因轉移過程的簡化和自動化以及未來的高通量細胞工程和篩選應用鋪平了道路。它有可能提高我們對各種微生物進行基因改造的能力，并迅速加速馴化這些尚未開發的微生物，以用于廣泛的生物技術和生物制造應用。

論文鏈接：

https://doi.org/10.1016/j.nbt.2024.02.003

審核編輯：劉清