空間轉錄組學技術是揭示組織精細解剖位置的組學工具。基于高通量測序的空間轉錄組學技術具有檢測結果無偏移、使用門檻低等優勢。目前，科學家開發了多種技術構建條形碼RNA捕獲陣列，然而難以實現成本、探針編碼復雜度、基因捕獲靈敏度和空間分辨率之間的平衡關系。

近日，吉林大學張俊虎、梁重陽團隊在預印本bioRxiv上發表了題為“Well-ST-seq: cost-effective spatial transcriptomics at cellular level and high RNA capture efficiency”的文章，報道了一種低成本、細胞分辨率水平、高RNA捕獲效率的空間轉錄組測序（ST-seq）方法。

該技術將帶有高密度活性基團的微珠排列于微井陣列，再采用微流控技術對微珠陣列進行編碼，生成高密度的RNA捕獲探針，其靈敏度可達3896 UMIs/10微米。該探針陣列制備全程未用到大型精密儀器，具有小型化、低成本優勢，構建成本約為1.21美元/mm2。

Well-ST-seq技術概述

此外，該技術空間分辨率由微孔道及微井陣列尺寸控制，可實現10微米分辨率的空間轉錄組測序。

通過Well-ST-seq-10 μm繪制小鼠海馬的高空間分辨率圖譜

為了驗證Well-ST-seq在高分辨率空間轉錄組測序方面的靈活性，研究團隊制作了10 μm分辨率的微通道和微孔陣列，并選擇小鼠大腦的海馬區域進行組織切片。Well-ST-10 μm和Well-ST-20 μm數據中標記基因的空間表達圖譜顯示出了高度的一致性。Well-ST-10 μm檢測到的標記基因表達與Allen小鼠腦圖譜（AMBA）的ISH數據一致，進一步驗證了Well-ST-seq的準確性。

而與Well-ST-seq-20 μm數據相比，Well-ST-seq-10 μm生成的空間地圖顯示出更詳細的解剖形態，與組織切片的HE染色圖像一致；與基于ABMA注釋結果的解剖學定義的腦區很好地對應，并且集群的標記基因表現出差異表達模式。結果表明，Well-ST-seq能夠進行高分辨率的空間轉錄組學分析。

總而言之，該技術為空間單細胞轉錄組測序提供了低成本的解決方案，且實現了高靈敏度、分辨率、可伸縮性以及與現有數據庫的兼容性，是一種高效、經濟、便利的原位捕獲和分析方法，為空間轉錄組學研究開辟了新的可能性。




審核編輯：劉清