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詳解Python中的Pandas和Numpy庫

數據分析與開發 ? 來源:算法進階 ? 作者:泳魚 ? 2022-05-25 12:49 ? 次閱讀
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pandas、numpy是Python數據科學中非常常用的庫,numpy是Python的數值計算擴展,專門用來處理矩陣,它的運算效率比列表更高效。 pandas是基于numpy的數據處理工具,能更方便的操作大型表格類型的數據集。但是,隨著數據量的劇增,有時numpy和pandas的速度就成瓶頸。如下我們會介紹一些優化秘籍:里面包含了 代碼層面的優化,以及可以無腦使用的性能優化擴展包。

1、NumExpr

NumExpr 是一個對NumPy計算式進行的性能優化。NumExpr的使用及其簡單,只需要將原來的numpy語句使用雙引號框起來,并使用numexpr中的evaluate方法調用即可。

經驗上看,數據有上萬條+ 使用NumExpr才比較優效果,對于簡單運算使用NumExpr可能會更慢。如下較復雜計算,速度差不多快了5倍。

importnumexprasne

importnumpyasnp

a=np.linspace(0,1000,1000)

print('#numpy十次冪計算')
%timeita**10

print('#numexpr十次冪計算')
%timeitne.evaluate('a**10')
7f5cc27c-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

2、Numba

Numba 使用行業標準的LLVM編譯器庫在運行時將 Python 函數轉換為優化的機器代碼。Python 中 Numba 編譯的數值算法可以接近 C 或 FORTRAN 的速度。

如果在你的數據處理過程涉及到了大量的數值計算,那么使用numba可以大大加快代碼的運行效率(一般來說,Numba 引擎在處理大量數據點 如 1 百萬+ 時表現出色)。numba使用起來也很簡單,因為numba內置的函數本身是個裝飾器,所以只要在自己定義好的函數前面加個@nb.方法就行,簡單快捷!
#pipinstallnumba

importnumbaasnb

#用numba加速的求和函數
@nb.jit()
defnb_sum(a):
Sum=0
foriinrange(len(a)):
Sum+=a[i]
returnSum

#沒用numba加速的求和函數
defpy_sum(a):
Sum=0
foriinrange(len(a)):
Sum+=a[i]
returnSum

importnumpyasnp
a=np.linspace(0,1000,1000)#創建一個長度為1000的數組
print('#python求和函數')
%timeitsum(a)
print('#沒加速的for循環求和函數')
%timeitpy_sum(a)
print('#numba加速的for循環求和函數')
%timeitnb_sum(a)
print('#numpy求和函數')
%timeitnp.sum(a)

7fdd3272-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

當前示例可以看出,numba甚至比號稱最接近C語言速度運行的numpy還要快5倍+,對于python求和速度快了幾百倍。。此外,Numba還支持GPU加速、矢量化加速方法,可以進一步達到更高的性能。
fromnumbaimportcuda
cuda.select_device(1)

@cuda.jit
defCudaSquare(x):
i,j=cuda.grid(2)
x[i][j]*=x[i][j]


#numba的矢量化加速
frommathimportsin
@nb.vectorize()
defnb_vec_sin(a):
returnsin(a)

3、CuPy

CuPy 是一個借助 CUDA GPU 庫在英偉達 GPU 上實現 Numpy 數組的庫。基于 Numpy 數組的實現,GPU 自身具有的多個 CUDA 核心可以促成更好的并行加速。

#pipinstallcupy
importnumpyasnp
importcupyascp
importtime

###numpy
s=time.time()
x_cpu=np.ones((1000,1000,1000))
e=time.time()
print(e-s)

###CuPy
s=time.time()
x_gpu=cp.ones((1000,1000,1000))
e=time.time()
print(e-s)
上述代碼,Numpy 創建(1000, 1000, 1000)的數組用了 1.68 秒,而 CuPy 僅用了 0.16 秒,實現了 10.5 倍的加速。隨著數據量的猛增,CuPy的性能提升會更為明顯。

4、pandas使用技巧

更多pandas性能提升技巧請戳官方文檔:https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/enhancingperf.html

4.1 按行迭代優化

我們按行對dataframe進行迭代,一般我們會用iterrows這個函數。在新版的pandas中,提供了一個更快的itertuples函數,如下可以看到速度快了幾十倍。

importpandasaspd
importnumpyasnp
importtime
df=pd.DataFrame({'a':np.random.randn(100000),
'b':np.random.randn(100000),
'N':np.random.randint(100,1000,(100000)),
'x':np.random.randint(1,10,(100000))})

%%timeit
a2=[]
forrowindf.itertuples():
temp=getattr(row,'a')
a2.append(temp*temp)
df['a2']=a2
%%timeit
a2=[]
forindex,rowindf.iterrows():
temp=row['a']
a2.append(temp*temp)
df['a2']=a2


80296156-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

4.2 apply、applymap優化

當對于每行執行類似的操作時,用循環逐行處理效率很低。這時可以用apply或applymap搭配函數操作,其中apply是可用于逐行計算,而applymap可以做更細粒度的逐個元素的計算。

#列a、列b逐行進行某一函數計算
df['a3']=df.apply(lambdarow:row['a']*row['b'],axis=1)
#逐個元素保留兩位小數
df.applymap(lambdax:"%.2f"%x)
8040ae24-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

4.3 聚合函數agg優化

對于某列將進行聚合后,使用內置的函數比自定義函數效率更高,如下示例速度加速3倍

%timeitdf.groupby("x")['a'].agg(lambdax:x.sum())

%timeitdf.groupby("x")['a'].agg(sum)

%timeitdf.groupby("x")['a'].agg(np.sum)
808b3192-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

4.4 文件操作

pandas讀取文件,pkl格式的數據的讀取速度最快,其次是hdf格式的數據,再者是讀取csv格式數據,而xlsx的讀取是比較慢的。但是存取csv有個好處是,這個數據格式通用性更好,占用內存硬盤資源也比較少。此外,對于大文件,csv還可以對文件分塊、選定某幾列、指定數據類型做讀取。

80dab5d2-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

4.5 pandas.eval

pandas.eval 是基于第一節提到的numexpr,pandas也是基于numpy開發的,numexpr同樣可以被用來對pandas加速)。使用eval表達式的一個經驗是數據超過 10,000 行的情況下使用會有明顯優化效果。
importpandasaspd
nrows,ncols=20000,100
df1,df2,df3,df4=[pd.DataFrame(np.random.randn(nrows,ncols))for_inrange(4)]

print('pd')
%timeitdf1+df2+df3+df4
print('pd.eval')
%timeitpd.eval("df1+df2+df3+df4")
8107c784-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

5、Cython優化

Cython是一個基于C語言的Python 編譯器,在一些計算量大的程序中,可以Cython來實現相當大的加速。考慮大部分人可能都不太了解復雜的cython語句,下面介紹下Cython的簡易版使用技巧。

通過在Ipython加入 Cython 魔術函數%load_ext Cython,如下示例就可以加速了一倍。進一步再借助更高級的cython語句,還是可以比Python快個幾十上百倍。

%%cython
deff_plain(x):
returnx*(x-1)
defintegrate_f_plain(a,b,N):
s=0
dx=(b-a)/N
foriinrange(N):
s+=f_plain(a+i*dx)
returns*dx
811fcdac-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

6、swifter

swifter是pandas的插件,可以直接在pandas的數據上操作。Swifter的優化方法檢驗計算是否可以矢量化或者并行化處理,以提高性能。如常見的apply就可以通過swifter并行處理。

importpandasaspd
importswifter

df.swifter.apply(lambdax:x.sum()-x.min())

7、Modin

Modin后端使用dask或者ray(dask是類似pandas庫的功能,可以實現并行讀取運行),是個支持分布式運行的類pandas庫,簡單通過更改一行代碼import modin.pandas as pd就可以優化 pandas,常用的內置的read_csv、concat、apply都有不錯的加速。注:并行處理的開銷會使小數據集的處理速度變慢。

818efa88-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

!pipinstallmodin
importpandas
importmodin.pandasaspd
importtime

##pandas

pandas_df=pandas.DataFrame({'a':np.random.randn(10000000),
'b':np.random.randn(10000000),
'N':np.random.randint(100,10000,(10000000)),
'x':np.random.randint(1,1000,(10000000))})



start=time.time()

big_pandas_df=pandas.concat([pandas_dffor_inrange(25)])

end=time.time()
pandas_duration=end-start
print("Timetoconcatwithpandas:{}seconds".format(round(pandas_duration,3)))

####modin.pandas
modin_df=pd.DataFrame({'a':np.random.randn(10000000),
'b':np.random.randn(10000000),
'N':np.random.randint(100,10000,(10000000)),
'x':np.random.randint(1,1000,(10000000))})

start=time.time()
big_modin_df=pd.concat([modin_dffor_inrange(25)])

end=time.time()
modin_duration=end-start
print("TimetoconcatwithModin:{}seconds".format(round(modin_duration,3)))

print("Modinis{}xfasterthanpandasat`concat`!".format(round(pandas_duration/modin_duration,2)))

81bc89b2-d69d-11ec-bce3-dac502259ad0.png

原文標題:Pandas、Numpy 性能優化秘籍

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審核編輯:湯梓紅
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