SBC ceRNA芯片

環狀RNA（circRNA）在真核生物中廣泛存在的發現使轉錄家族又增加了重要一員，lncRNA研究也正如火如荼，復雜的轉錄、轉錄調控網絡研究如何走捷徑？SBC ceRNA芯片是一個全轉錄組+產品，不僅同時檢測circRNA、lncRNA等非編碼RNA和編碼蛋白的mRNA,并同時獲得circRNA、lncRNA功能預測結果，為進一步功能研究提供參考。circRNA、lncRNA作為競爭性內源RNA（ceRNA），競爭性結合miRNA，從而調控miRNA靶基因的表達,這樣的作用方式廣泛存在，ceRNA芯片也同樣是ceRNA研究的不二之選。

基因芯片作為一個成熟的技術平臺，二十幾年來被廣泛用于基因表達譜的檢測。對于lncRNA、circRNA基因表達譜檢測，基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優勢：

芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達豐度。與RNA測序相比，芯片檢測的準確性受低豐度轉錄本的影響更小，更適合檢測整體表達豐度低的lncRNA、circRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機率，提高測序深度可能引起可靠性的下降。

lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置，RNA測序對lncRNA轉錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進行特異性設計，檢測更特異。

circRNA具有特殊的環狀結構，但其線性序列和線性基因難以區分，需要單獨的去線性建庫才能利用RNA測序來檢測circRNA，不能同時檢測多種RNA。

芯片設計策略：

Human ceRNA芯片設計流程圖

探針設計策略：

芯片特點:

·circRNA探針設計在反向剪接位點，特異性強

·技術成熟、靈敏度高：芯片比測序更適合檢測表達量低的lncRNA、circRNA

·實驗周期短，數據分析方法成熟、快速

·收錄lncRNA、circRNA全面、可靠，并及時更新

·功能機制預測，為深入研究circRNA、lncRNA生物學功能提供參考，包括：

高保守lncRNA；lncRNA結合蛋白預測；lncRNA生物學功能預測；lncRNA亞細胞定位；疾病相關lncRNA預測；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相關circRNA預測。

主要參數:

責任編輯：xj

原文標題：SBC ceRNA芯片

文章出處：【微信公眾號：上海生物芯片】歡迎添加關注！文章轉載請注明出處。