???????? 目前，基因芯片的信息挖掘已成為生物信息學研究的熱點之一，引起了廣泛的重視。特別是高密度的DNA微陣列，由于它荷載了成千上萬個DNA片段，可用于高通量的生物學檢測，其開發和利用已進入商業化階段，而其信息處理和信息挖掘更受關注。本文介紹了基因芯片分析中聚類分析軟件的設計與實現過程，并對軟件系統結構、功能模塊、關鍵技術進行了闡述。該軟件能完成基因芯片分析中聚類分析工作。它的開發為從事基因芯片分析的研究人員提供了有效的數據處理和分析工具。
關鍵詞：生物信息學；基因芯片；聚類分析；差異基因；
???????? 基因芯片，又稱DNA芯片（DNA chip）或DNA微陣列(DNA microarray),是隨著“人類基因組計劃”（human genome project, HGP）的發展而發展起來的一項新技術，可廣泛應用于基因序列分析、基因突變檢測和多態性分析，以及疾病的基因診斷等許多領域。
??????? 目前，基因芯片的信息挖掘已成為生物信息學研究的熱點之一，引起了廣泛的重視。特別是高密度的DNA微陣列，由于其荷載了成千上萬個DNA片段，可用于高通量的生物學檢測，其開發和利用已進入商業化階段，而其信息處理和信息挖掘更受關注。鑒于此，本軟件是一個基于C/C++開發的基因芯片聚類分析軟件，用戶可根據實際的需要采用軟件提供的多種不同的聚類技術實現基因芯片的數據挖掘。本文從軟件系統結構、數據文件的格式、聚類的方法、差異基因的判斷這五個方面對軟件的設計和實現功能進行了詳細闡述，著重介紹了聚類分析、差異基因判斷所應用的相關算法和設計過程。