微流控芯片技術在水環境污染分析中的研究尚處于起步階段，因此多集中于優先污染物的相關報道，主要包括重金屬、營養元素、有機污染物和微生物等。

1、用肝水體中重金屬檢測的微流控芯片系統

隨著工農業的發展， 越來越多的重金屬如汞、鉻、鉛、銅、鎳、釩等被排放入水體，不僅會對水生動植物產生毒害作用，還能通過富集作用進入生物鏈，對整個生態環境構成嚴重威脅。對上述重金屬的檢測，雖然可以使用 高精度的原子吸收光譜和原子熒光光譜等方法。但是在應對突發性污染物泄露事件，或者對一個區域進行連續監測的情況下，仍需要快速、高效的檢測工具。使用光刻法搭配濕法刻蝕技術，成功研制了-種微流控芯片，該芯片利用魯米諾發光性質，成功地對硝酸鈷進行了測定。與比同時，通過簡單的改造之后，該微全分析系統還能成為檢測過氧化氫或者一氧化氮的裝置，并可以與信號傳遞裝置結合起來，成為一種自帶無線信號發射功能的設備。

2、用于水體中營養鹽測定芯片系統

用于營養鹽測定的微流控芯片系統多數是基于分光光度的檢測原理，運用現代微細加I技術將各種光電元件加以集成，例如，一種用干水體中磷酸鹽檢測的微流控芯片系統，該系統配有數據的發射裝置，可以在 目標區域的不同位置分別布置對該區域的磷酸鹽污染狀況進行全方位的實時監測，檢測限量最低為0.3mg/L。

賈宏新等提出了一種三層雜交結構微流控芯片，在玻璃片上加工微反應通道，用PDMS加工氣體滲透膜和具有接受通道的PDMS底片，實現了溶液中銨根正離子反應、生成的氨氣擴散分離、吸納、溴百里酚藍顯色和光度檢測在微流控芯片上的集成化。

3、用于水體中有機污染物分析芯片

水體中除含有無機污染物外，更大量的是有機污染物，它們以有毒性和使水中溶解氧減少的方式對生態系統產生影響，危害人體健康，因此有機污染物的數星是評價水體污染狀況的極為重要的指標。這一類污染物由 F其含星較低，通常需要進行前期的預處理，微流控芯片的優點體現在可以將前期的預處理。