1.危害的定義
“危害”的定義是：可影響食品安全性和質量（腐敗）的不能接受的污物、細菌，或是食品中產生、存留的諸如毒素、酶或微生物的代謝產物等不能接受的物質。美國全國食品微生物限量咨詢委員會（US-NACMCF）將“危害”定義為：“可導致食品不安全消費的生物、化學或物理的特性”。對低風險的和不大可能發生的危害不必進一步考慮。
國際食品微生物規范委員會（ICMSF）在危害的定義里將安全性和質量都包括進去。而美國全國食品微生物限量咨詢委員會（US-NACMCF）只包括安全性。按CAC最新的表述，HACCP體系可用于控制產品的安全性和引起質量問題的所有方面。
2.危害的分類
食品中的危害從來源上來分，可分為與原料自身有關的和與加工/操作過程有關的危害：
1) 與原料自身有關的危害，如：農藥殘留、重金屬等。
2) 與加工/操作過程有關的危害，如：交叉污染、殺菌不充分等。
食品中的危害從性質上來分，可分為生物性危害、化學性危害和物理性危害。
3.生物性危害
生物性危害包括：細菌、病毒、寄生蟲、霉菌和酵母等。
細菌危害
細菌危害是指某些有害細菌在食品中存活時，可以通過活菌的攝入引起人體(通常是腸道)感染或預先在食品中產生的細菌毒素導致人類中毒。前者稱為食品感染，后者稱為食品中毒。由于細菌是活的生命體，需要營養、水、溫度以及空氣條件(需氧、厭氧或兼性)，因此通過控制這些因素，就能有效地抑制、殺滅致病菌，從而把細菌危害預防、消除或減少到可接收水平以符合規定的衛生標準。例如，控制溫度和時間是常用的預防措施。
根據細菌有無芽孢分類，可分成菌和非芽孢菌。芽孢是細菌在生命周期中處于休眠階段的生命體，相對于其生長狀態下營養細胞或其他非芽孢菌而言，對化學殺菌劑、熱力或其他加工處理具有極強的抵抗能力。處于休眠狀態下的芽孢是沒有危害的，但一旦食品中殘留的致病性芽孢菌的芽孢在食品中萌發、生長，即會成為危害，使食品不安全。因此，對此類食品的微生物控制必須以殺滅芽孢為目標，顯然用于控制芽孢的加工步驟要比控制非芽孢菌需要的條件要嚴格得多。