Protel99 SE共分5個模塊，分別是原理圖設計、PCB設計（包含信號完整性分析）、自動布線器、原理圖混合信號仿真、PLD設計。以下介紹一些Protel99SE的部分最新功能：

　　◆可生成30多種格式的電氣連接網絡表；

　　◆強大的全局編輯功能；

　　◆在原理圖中選擇一級器件，PCB中同樣的器件也將被選中；

　　◆同時運行原理圖和PCB，在打開的原理圖和PCB圖間允許雙向交叉查找元器件、引腳、網絡

　　◆既可以進行正向注釋元器件標號（由原理圖到PCB），也可以進行反向注釋（由PCB到原理圖），以保持電氣原理圖和PCB在設計上的一致性；

　　◆滿足國際化設計要求（包括國標標題欄輸出，GB4728國標庫）；

　　* 方便易用的數模混合仿真（兼容SPICE 3f5）；

　　◆支持用CUPL語言和原理圖設計PLD，生成標準的JED下載文件；

　　* PCB可設計32個信號層，16個電源-地層和16個機加工層；

　　◆強大的“規則驅動”設計環境，符合在線的和批處理的設計規則檢查；

　　◆智能覆銅功能，覆銅可以自動重鋪；

　　◆提供大量的工業化標準電路板做為設計模版；

　　◆放置漢字功能；

　　◆可以輸入和輸出DXF、DWG格式文件，實現和AutoCAD等軟件的數據交換；

　　◆智能封裝導航（對于建立復雜的PGA、BGA封裝很有用）；

　　◆方便的打印預覽功能，不用修改PCB文件就可以直接控制打印結果；

　　◆獨特的3D顯示可以在制板之前看到裝配事物的效果；

　　◆強大的CAM處理使您輕松實現輸出光繪文件、材料清單、鉆孔文件、貼片機文件、測試點報告等；

　　◆經過充分驗證的傳輸線特性和仿真精確計算的算法，信號完整性分析直接從PCB啟動；

　　◆反射和串擾仿真的波形顯示結果與便利的測量工具相結合；

　　◆專家導航幫您解決信號完整性問題。

　　protel快捷鍵

　　enter——選取或啟動

　　esc——放棄或取消

　　f1——啟動在線幫助窗口

　　tab——啟動浮動圖件的屬性窗口

　　pgup——放大窗口顯示比例

　　pgdn——縮小窗口顯示比例

　　end——刷新屏幕

　　del——刪除點取的元件（1個）

　　ctrl+del——刪除選取的元件（2個或2個以上）

　　x+a——取消所有被選取圖件的選取狀態

　　x——將浮動圖件左右翻轉

　　y——將浮動圖件上下翻轉

　　space——將浮動圖件旋轉90度

　　crtl+ins——將選取圖件復制到編輯區里

　　shift+ins——將剪貼板里的圖件貼到編輯區里

　　shift+del——將選取圖件剪切放入剪貼板里

　　alt+backspace——恢復前一次的操作

　　ctrl+backspace——取消前一次的恢復

　　crtl+g——跳轉到指定的位置

　　crtl+f——尋找指定的文字

　　alt+f4——關閉

　　protelspacebar——繪制導線，直線或總線時，改變走線模式

　　v+d——縮放視圖，以顯示整張電路圖

　　v+f——縮放視圖，以顯示所有電路部件

　　home——以光標位置為中心，刷新屏幕

　　esc——終止當前正在進行的操作，返回待命狀態

　　backspace——放置導線或多邊形時，刪除最末一個頂點

　　delete——放置導線或多邊形時，刪除最末一個頂點

　　ctrl+tab——在打開的各個設計文件文檔之間切換

　　alt+tab——在打開的各個應用程序之間切換

　　a——彈出editalign子菜單

　　b——彈出view oolbars子菜單

　　e——彈出edit菜單

　　f——彈出file菜單

　　h——彈出help菜單

　　j——彈出editjump菜單

　　l——彈出editset location makers子菜單

　　m——彈出editmove子菜單

　　o——彈出options菜單

　　p——彈出place菜單

　　r——彈出reports菜單

　　s——彈出editselect子菜單

　　t——彈出tools菜單

　　v——彈出view菜單

　　w——彈出window菜單

　　x——彈出editdeselect菜單

　　z——彈出zoom菜單

　　左箭頭——光標左移1個電氣柵格

　　shift+左箭頭——光標左移10個電氣柵格

　　右箭頭——光標右移1個電氣柵格

　　shift+右箭頭——光標右移10個電氣柵格

　　上箭頭——光標上移1個電氣柵格

　　shift+上箭頭——光標上移10個電氣柵格

　　下箭頭——光標下移1個電氣柵格

　　shift+下箭頭——光標下移10個電氣柵格

　　ctrl+1——以零件原來的尺寸的大小顯示圖紙

　　ctrl+2——以零件原來的尺寸的200%顯示圖紙

　　ctrl+4——以零件原來的尺寸的400%顯示圖紙

　　ctrl+5——以零件原來的尺寸的50%顯示圖紙

　　ctrl+f——查找指定字符

　　ctrl+g——查找替換字符

　　ctrl+b——將選定對象以下邊緣為基準，底部對齊

　　ctrl+t——將選定對象以上邊緣為基準，頂部對齊

　　ctrl+l——將選定對象以左邊緣為基準，*左對齊

　　ctrl+r——將選定對象以右邊緣為基準，*右對齊

　　ctrl+h——將選定對象以左右邊緣的中心線為基準，水平居中排列

　　ctrl+v——將選定對象以上下邊緣的中心線為基準，垂直居中排列

　　ctrl+shift+h——將選定對象在左右邊緣之間，水平均布

　　ctrl+shift+v——將選定對象在上下邊緣之間，垂直均布

　　f3——查找下一個匹配字符

　　shift+f4——將打開的所有文檔窗口平鋪顯示

　　shift+f5——將打開的所有文檔窗口層疊顯示

　　shift+單左鼠——選定單個對象

　　crtl+單左鼠，再釋放crtl——拖動單個對象

　　shift+ctrl+左鼠——移動單個對象

　　按ctrl后移動或拖動——移動對象時，不受電器格點限制

　　按alt后移動或拖動——移動對象時，保持垂直方向

　　按shift+alt后移動或拖動——移動對象時，保持水平方向