PCSEL有三種常見的加工方式。

第一種方式是晶片鍵合，如下左圖。其制作過程是：先在一個晶片上外延好N型包層和有源區層等外延層；然后在另一個晶片上外延好P型包層、光子晶體層，和刻蝕好光子晶體結構；最后，通過晶片鍵合方式將兩個晶片鍵合在一起。不過，晶片鍵合過程會在鍵合界面上產生許多缺陷，導致激射光的嚴重吸收和費米能級釘扎導致的電學性能惡化，目前基本不采用該方式。

第二種方式是二次外延，如下中圖。其制作過程是：先在晶片上外延好N型包層、有源區層和光子晶體層，并在光子晶體層上刻蝕好光子晶體結構；然后，清洗好晶片表面，在光子晶體層上再次外延生長P型包層和歐姆接觸層等。這是目前主流的加工方式，其難點是保留氣孔的二次外延，要么沒有外延設備，要么有設備但二次外延技術不成熟。

第三種方式是表面刻蝕，如下右圖。制作過程是：先在晶片上外延好N型包層、有源區層、P型包層和歐姆接觸層等整個完成的激光器外延結構；然后，從表面的歐姆接觸層直接刻蝕光子晶體層，一直刻蝕到有源區附近。目前，有一些相關的文獻，其難點是當采用薄P型包層光損耗大，當采用厚P型包層需要氣孔深刻蝕。

出光方向由加工的電極決定，并不受限于下圖中標記的形式。