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基于關聯矩陣的高效DNA序列挖掘算法

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  DNA分析是生物信息學研究中基礎而核心的工作,而數據挖掘作為支撐生物信息學的重要技術,已經被廣泛應用到DNA序列的分析中。與傳統的商業領域的事務序列相比,DNA序列具有項目符號少但序列長度長的特點,因此經典的序列挖掘算法很難適應DNA序列的模式挖掘需要。本文在分析DNA序列的挖掘需求基礎上,提出了一種稱為關聯矩陣的數據結構。關聯矩陣能夠將序列數據壓縮成可分析的矩陣形式,所以它的空間緊湊性能夠使得超長的DNA序列能夠在有限的內存中加以處理。基于關聯矩陣結構,設計了高效的DNA序列的關鍵序列挖掘算法。實驗說明了本文算法在DNA序列分析中的高效性。
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